一、操作难易
自然分蜂是指等蜂群分蜂后再将分蜂群收捕回来，操作时只要养蜂人能及时将分蜂群收捕回来即可，而人工分蜂是指蜂群尚未分蜂时便对蜂群进行人工拆分，这就需要养蜂人掌握一定的技术才能完成，因此单从操作难易上看自然分蜂比人工分蜂稍微简单些。
二、可控程度
自然分蜂在一定程度上几乎是不可控的，从蜂群中出现王台开始任何时候都可能发生，而人工分蜂完全可自由决定分蜂时间，只要蜂群中有成熟的王台即可进行，因此在可控程度上人工分蜂完胜自然分蜂，尤其是在分蜂期自然分蜂绝对会让养蜂人手忙脚乱。
三、是否回蜂
自然分蜂完全是蜂群自然发生的分蜂行为，相对极少出现回蜂(分出去的工蜂回到原巢)情况，而人工分蜂是养蜂人强制进行的分蜂，倘若分蜂时操作不慎时很容易出现回蜂现象，尤其是分蜂距离过近时更为普遍，因此从是否回蜂上看自然分蜂相对要好一些。
四、蜂群发展
自然分蜂是蜂群发展到一定规模后的自然行为，分蜂后两群蜂都能自然发展并快速恢复群势，而人工分蜂是养蜂人强制将蜂群一分为二，若分蜂时间把握不到位容易出现回蜂，从而导致分蜂群很难发展起来，另外对分蜂群的育虫、采集等行为也有一定影响。
总结：自然分蜂好还是人工分蜂好并没有定论，其中在分蜂技术不熟练时自然分蜂要好些，而熟练掌握分蜂技术后人工分蜂更便捷，另外当蜂场规模较大时建议选择人工分蜂。
