只有农业部和省级人民政府行政主管部门才有权设立保护区，省级以下的县、乡镇、村是无权私自设立保护区，更无权私自阻拦意蜂饲养者在周边放养蜂群。
且蜂种保护区的设立需要多层面的考察、审核，最终确认无误后才会予以批准。这点在《畜禽遗传资源保种场保护区和基因库管理办法》第十、十一、二十二条、《养蜂管理办法（试行）》第十六条均有体现。
针对蜂种保护区，这里有三个点是需要着重点出的：
1、蜂种保护区并不等于中蜂保护区。蜂种保护区，是指国家或地方为保护特定蜂种遗传资源，在其原产地中心产区划定的特定区域。像东北黑蜂、新疆黑蜂，虽然是西方蜜蜂，但是在多年的环境选择下，已适应当地环境形成了特有的蜂种，进而被作为我国特有蜂种资源，现分别设立有国家级蜂种保护区（保种场）。
2、只有农业部和省级人民政府行政主管部门才有权设立保护区，省级以下的县、乡镇、村是无权私自设立保护区，更无权私自阻拦意蜂饲养者在周边放养蜂群。且蜂种保护区的设立需要多层面的考察、审核，最终确认无误后才会予以批准。这点在《畜禽遗传资源保种场保护区和基因库管理办法》第十、十一、二十二条、《养蜂管理办法（试行）》第十六条均有体现。
3、随意单纯地划区设立蜂种保护区并不能做到真正的保护当地蜂种，而且其它外来蜂种对于所设立的蜂种保护区的地貌环境、蜜源情况等也不是完全适应，因此设立蜂种保护区也可以说是在反向地保护其他外来蜂种（包括但不仅限于意蜂）。
